Fue en 1776 que bajo la real cédula de Carlos IV que se crea la Intendencia de Guerra y Hacienda, la cual era regida íntegramente por parte de la corona Española y sin existir una clara tipificación sobre los que era el Tesoro Nacional.

Solo hasta el 20 de Febrero de 1873 bajo mandato del General Guzmán Blanco, se crea el Código de Hacienda donde se identifica al Tesoro Nacional como, el producto líquido de las rentas que entren en las arcas de las Tesorerías Nacionales. Igualmente en la Ley XIII del mismo código, establece la Tesorería del Servicio Público en el Distrito Federal, servida por un Tesorero y un Interventor, teniendo como responsabilidad custodiar y distribuir por sí y por medio de agentes en los Estados, los fondos que con tal fin destine la ley sobre distribución de la renta, basándose para su inversión a los términos con que señale cada partida de ley de presupuesto de gastos públicos.

Para 1929, se crean mediante Reglamento de la Ley de Ministerios, cinco direcciones para el Ministerio de Hacienda, llevándola así a rango de Dirección del Tesoro. Para la década de los 70, el Ministerio de Hacienda diseñó un nuevo esquema organizativo a fin de cumplir con mayor eficiencia las funciones que tiene asignadas creándose tres (3) Direcciones Generales, entre ellas la Dirección General de Finanzas Públicas, formando parte de esta estructura la Tesorería Nacional. Un diagnóstico del funcionamiento de la Tesorería Nacional para 1973, en los aspectos organizativos, financieros, administrativos y jurídicos, a los efectos de su modernización, producen en esta oficina cambios en su estructura organizativa dirigidos a adecuar sus funciones al considerable aumento de las transacciones financieras realizadas por los organismos ejecutores del presupuesto, creándose la División de Planificación y Evaluación Financiera, quien tendría la responsabilidad de procesar la información sobre ingresos y pagos realizados con cargo al Tesoro Nacional.

En el año 1980, se eliminaron en la Tesorería Nacional algunas Receptorias de Fondos Nacionales y se trasladó el Servicio de Recaudación a los bancos, lográndose con esta medida reducir el gasto que ocasionaba el funcionamiento de dichas oficinas y mayor seguridad en la recaudación fiscal. En el año 1989, en atención a la reforma del Reglamento Orgánico del Ministerio de Hacienda, se eleva la Tesorería Nacional a nivel de Dirección General Sectorial y se modifica su estructura quedando conformada de la siguiente manera: Despacho del Director General Sectorial - Tesorero Nacional, Despacho del Director - Sub-Tesorero Nacional, Oficina Auxiliar de Servicios Administrativos, Oficina de Información y Estadísticas, Oficina de Control de Ordenes de Pago, División de Control de Especies Fiscales, División de Contabilidad Fiscal y la División de Auditoria de Ingresos y Egresos Fiscales con los Departamentos de Auditoria de Egresos Fiscales y Auditoria de Ingresos Fiscales. Esta estructura fue aprobada por Cordiplan mediante Oficio No. 031 de fecha 11/09/1989.

En el año 1991, se reorganizó la Tesorería Nacional en la cual se cambia de denominación y jerarquía a la División de Auditoria de Ingresos y Egresos Fiscales por Dirección de Ingresos y Egresos Fiscales, así como también hubo cambio de jerarquía de los Departamentos de Auditoria de Ingresos Fiscales y Auditoria de Egresos Fiscales por División de Auditoria de Ingresos Fiscales y División de Auditoria de Egresos Fiscales.

En 1993, se reorganizó la Tesorería Nacional, conformando una nueva dinámica orgánico-funcional, asegurando la ejecución adecuada de los objetivos con miras a la modernización y sistematización del sistema financiero, formalizando además el rango de Dirección General Sectorial que le corresponde, quedando estructurada de la manera siguiente: Despacho del Tesorero Nacional, Despacho del Sub-Tesorero, Oficina de Coordinación Administrativa, Oficina de Informática, División de Control de Ordenes de Pago, División de Control de Especies Fiscales, Dirección de Ingresos y Egresos Fiscales conformada por las Divisiones de Programación Financiera, Auditoria de Egresos y Auditoria de Ingresos y la Dirección de Estadísticas y Contabilidad Fiscal con las Divisiones de Estadísticas y Contabilidad Fiscal. Esta estructura fue aprobada por Cordiplan, mediante Oficio N° 0127 de fecha 08/09/93.

En el año 2000 se denomina Oficina Nacional del Tesoro, con la promulgación de la Ley Orgánica de la Administración Financiera del Sector Público y desde el año 2007, logra obtener formalmente una nueva estructura Organizativa, que avale su funcionamiento y desempeño organizacional dentro del Sistema de Tesorería del País, siempre con miras a asegurar la ejecución adecuada de sus objetivos de cara a la modernización del Sistema Financiero Público Nacional.